أعلنت جماعة الاخوان المسلمين في 7 ابريل 2012 اختيار خيرت الشاطر نائب مرشد الجماعة مرشحًا عنها لخوض أول انتخابات رئاسية بعد سقوط حسني مبارك وذلك عدولاً عن قرارهم الأول بعدم التقدم بمرشح لهذا المنصب لما وصفه د. محمد مرسي بالمحاولات الجادة المعروفة لإعاقة المصريين عن تحقيق الاستقرار السلمي.

وقد رأى الحزب الدفع بد. محمد مرسي مرشحا احتياطيا بعد تصاعد المخاوف من استبعاد خيرت الشاطر لعدم صدور حكم قضائي برد الاعتبار إليه بعد قرار العفو عنه مؤخرا، حيث تعرض للسجن في عهد الرئيس المخلوع حسني مبارك في ما عرف بقضية "مليشيات الأزهر"،

وتم بالفعل استبعاد الشاطر في 17 إبريل ليصبح محمد مرسي هو المرشح الرسمي لجماعة الإخوان المسلمين.