وقد اشتكى الرئيس مرسي من ان المحاكمات الهزلية التي يقيمها العسكر هي بمثابة محاكمات غيابية وأن الرئيس وكأنه ليس موجودا بقاعة المحكمة بسبب وضعه في قفص زجاجي عاكس للصوت وعاكس للصورة أيضا.

وبالرغم من هذه الانتهاكات في حق الرئيس واقرب الناس اليه ، تلك الانتهاكات التي لا تعدو كونها انتقامًا ومحاولة دنيئة لكسر إرادة الرئيس وانتزاع أية تنازلات منه عن شرعيته التي فرضها عليه الشعب في انتخابات حرة نزيهة فان الرئيس محمد مرسي ظل ثابتا وصامدا لا يقف الا منتصب القامة، مرفوع الرأس ،صادحا برفضه للمحكمة ولاجراءاتها ومكررا أنه رئيس الجمهورية الشرعي للبلاد.

المتحدة إزاء حالة الصمت التي اصابت جمعيات حقوق الانسان الرسمية والمحلية والدولية ... والحكومات العربية والغربية والامم صاحبة المواثيق وقوانينها الدولية امام خطف وسجن وايذاء نفسي وبدني ومحاولات تسميم لرئيس منتخب، كرر المجلس الثوري المصري نداءاته وحملاته الداعية للتمسك بشرعية د. مرسي كرئيس للبلاد وكزعيم للثورة المصرية وقال المجلس في بياناته ان ثبات الرئيس مرسي وصمود أسرته في تلك المواجهة مع سلطة الانقلاب قد أضحت سراج النور الذي ينير الطريق لكل الأحرار لما هو مستهدف من ثورتهم، هذا الثبات الذي يمثل الحد الفاصل بين نجاح الثورة ونجاح الانقلاب، وذلك الصمود الذي هو بمثابة القوة الدافعة للثورة التي تدفع الشعب إلى انتزاع حقوقه المشروعة والعمل على ضرورة تحرير كافة الرهائن واسترداد الديمقراطية التي وأدتها سلطة الانقلاب في مهدها....

وفي سبتمبر 2017 أيدت محكمة النقض المصرية حكما بالسجن المؤبد مدة 25 سنة صدر ضد الرئيس محمد مرسي بتهمة "التخابر مع قطر" في القضية المعروفة إعلاميا بهذا الاسم ليصل إجمالي عدد الأحكام النهائية الباتة الصادرة في حقه إلى حكمين لا يمكن الطعن عليهما في المستقبل بعدد سنوات سجن 45 سنة

وقبل ان ينتهي عام 2017، بالتحديد في 30 ديسمبر2017، صدر بحق الرئيس حكما اخر بالحبس ثلاث سنوات في قضية هزلية أخرى معروفة باسم إهانة القضاء.