كان اول ظهور علني للسيد الرئيس قي يوم 4 نوفمبر2013 في اول جلسة في قضية الاتحادية التي أُعيد فتحها بعد الانقلاب واتهم فيها مرسي فقط دون إحالة أحد من المعارضة المحرضة للأحداث، ودون أن تنظر المحكمة إلى 8 قتلى ينتمون إلى تيار الرئيس قتلوا في نفس الأحداث . ظهر الرئيس مرسي بعد خمسة اشهر من الاختطاف والاخفاء مرتديا بدلته العادية رافعا الرأس شامخا فاشعل نار الغضب في قلوب الانقلابيين مما دفعهم لاعادة مهاجمته من جديد وظهر الاعلامي المجرم عمرو اديب يندد بما حدث واستضاف محمد ابراهبم وزير الدراخلية في ذلك الوقت لينفي عن نفسه المسئولية قائلا ان مرسي لم يكن في سجون وزارته حتى لحظة استلامه من المحكمة ويعترف على العسكر بارتكابهم جريمة الاختطاف والتآمر..

وظهر تسريب لجلسة مع الرئيس مرسي داخل محبسه تحدث فيه عن العلاقات مع إسرائيل ووصفها انها أصبحت مهزلة بعد الانقلاب، وقال ان إسرائيل انها لن يكون لها قيمة اذا انتجنا غذاءنا وسلاحنا ودواءنا

ارجو وضع عنوان الفيديو :" أول ظهور بالصوت والصورة للرئيس محمد مرسي بعد اختطافه".

وفي 28 يناير 2014 وبالتزامن مع الذكرى الثالثة لفتح ابواب السجون في 28 ينايرخلال الثورة التي أطاحت بنظام الرئيس الأسبق حسني مبارك. أقيمت الجلسة الاولى للقضية المسماة باسمها في أكاديمية الشرطة في حي التجمع الخامس أحد ضواحي القاهرة. يبدو ان الرئيس المنتخب قد أزعج سلطة الانقلاب في أول جلسة لمحاكمته، مما دفعها لمنعه من حضور المحاكمة، قبل أن تضطر لإحضاره داخل قفص زجاجي عازل للصوت بعد تزايد الضغط الشعبي والدولي عليها ... وفي الجلسة تم جلب مرسي لقاعة المحاكمة قبل بدء الجلسة بـ15 ساعة، ووضعه في قفص زجاجي فيما يعد سابقة لم نشهد لها مثيلا من قبل، لا مع المحاكمين جنائياً ولا مع المحاكمين بتهم التخابر والتجسس، ومع أن التلفزيون المصري أعلن أن المحاكمة ستكون علنيه ومباشرة، لكن البث المباشر تم منعه واقتصر الإعلام الرسمي على بث أجزاء متقطعة من المحاكمة وهذا دليل قاطع على أن هؤلاء يعملون في الخفاء ويخشون من إظهار الحقائق للشعب المصري. واخترق مرسي الزجاج بصوته متوجها لرئيس محكمة جنايات شمال القاهرة، المستشار شعبان الشامي بنبرة ساخرة قائلا "إنت مين أصلا؟" (من أنت

وظهر تسريب جديد لاحقاً لمكالمة هاتفية بين مدير مكتب السيسي، اللواء عباس كامل وهشام بركات النائب العام يوضح ان السيسي هو من امر بوضع الرئيس مرسي داخل قفص زجاجي اثناء جلسات محاكمته:

واستمر تلاعب سلطات الانقلاب بأسرته الرئيس مرسي ومؤيديه المتلهفين الفرصة لرؤيته فغاب عن جلسات محاكمته  في اكتوبر 2014 حيث اصدر المجلس الثوري بيانا في حينها يعرب عن بالغ قلقه على الرئيس الشرعي الدكتور محمد مرسي الذي تغيب عن حضور جلساته محاكمته غير الشرعية لليوم الثاني، وهو المختطف منذ أكثر من عام من قبل سلطات الانقلاب العسكري الفاشي في مصر، وهو الأمر الذي يلقي بظلال من الشك والريبة حول سلامة سيادته وحذر من المساس بحياة د. مرسي.

يبدو أن هذا الحكم بوضع د. مرسي في السجن ليقضي عشرون عامًا لم يكن كافيًا لدى النظام لإغلاق صفحة د. مرسي للأبد ، حتى جاء حكمًا لتصفية الرجل بأدوات قضائية يقضي عليه بالإعدام في قضيتين، قضية اقتحام السجون المعروفة باسم "وادي  النطرون"، والقضية المعروفة باسم التخابر مع قطر على 106 من قيادات الإخوان في قضية وادي النطرون، و15 آخرين في قضية التخابر مع حركة حماس.

ولم تنج أسرة الرئيس الصامد محمد مرسي من الاضطهاد والمضايقات ففي الثاني من يوليو 2014 بسجن عبد الله مرسي ، البالغ من العمر 19 عاما بعد ادانته في قضية "حيازة "سيجارتي حشيش وتغريمه 10 آلاف جنيه مصري. هذه القضية المفبركة اعتبر أسامة مرسي الشقيق الأكبر لعبد الله والمتحدث الرسمي باسم عائلة الرئيس محاولة بائسة لتشويه سمعة العائلة