وشهد يوم الأربعاء 29/5/2002م، جلسة غير عادية بمجلس الشعب تمكن الدكتور مرسي من نزع تأييد كل نواب البرلمان لاستجوابه حول حادث قطار العياط، والذي وصفه أحمد فتحي سرور رئيس المجلس في حينه بالموضوعية والدقة.

وتميز الدكتور مرسي بالذكاء الشديد، فلم تتمكن الحكومة من خداعه، ففي استجواب قطار الصعيد قدَّمه ضد رئيس الوزراء؛ لأنَّ النية كانت تتجه لإقالةِ وزير النقل وقتها، وحسب نص اللائحة فإنَّ الاستجواب يسقط في حالة استقالةِ الوزير أو وفاته أو إقالته، وهو ما فطن إليه الدكتور مرسي ولم يفطن إليه مرتضى منصور والذي رُفِضَ استجوابه؛ لأنه قدَّمه ضد وزير النقل، فسقط الاستجواب مع إقالة الوزير.

ولم يقف التضامن مع الدكتور مرسي عند التصفيق الحارِّ وحسن الإنصات فقط، بل وتضامن نوابُ الصعيد بالحزب المنحل مع الدكتور مرسي في رفض أي ضجيج أو إزعاج من زملائهم له وهو يُلقي الاستجوابَ، واستمرت تحيتُهم له حتى فرغ من استجوابه، ثم استمرَّ التضامن والتأييد للاستجواب في كلمات النواب التي ألقَوها أمام المجلس من خلال طلبات الإحاطة والأسئلة، والتي انتهت بنتيجة واحدة، وهي أن هذا الاستجواب أحيا ذكرى المواطنين الغلابة الذين لقوا حتفَهم؛ نتيجة الإهمال وعدم الرعاية والإحساس بالمسئولية.

بل إنَّ أحد نواب الوطني قال للدكتور مرسي بعد عرضه لاستجواب قطار الصعيد: "يا دكتور قلوبنا معك، ولكنَّ تصويتنا مع الحكومة"!!.

ولأهمية الاستجواب الذي كان ينتظره كل أفراد الشعب المصري لما يحمله من قضايا اعتبرها البعض ثأرًا للشعب عند الحكومة، فقد أذاعه التليفزيون المصري على قناة النيل للأخبار على الهواء مباشرةً، كما أذاعته القناة الأولى الرسمية في اليوم التالي بعد نشرة أخبار الساعة السادسة مساءً، كما اهتمت الصحف القومية والحزبية والمستقلة والعربية بنشر وقائع الجلسة بدون أي هجوم على النائب في مخالفة لما اعتادت عليه الصحف المصرية التي كانت تهتم غالبًا برد الوزير المختص دون الاهتمام بما يطرحه النائب المستجوِب.

وعندما تدخل كمال الشاذلي بالقول إنه يجب التعلم من الأخطاء والاستمرار في العمل رد عليه الدكتور مرسي بالقول نتعلم من الأخطاء نعم، ولكن يجب أن نتعلم منها ونحاسب المخطئ.